Cuestión de nudos de los que no se aprietan

¿Por qué llamamos nudo a lo que es una protuberancia, un amasijo natural? ¿Se puede llamar nudo a lo que no ata nada? ¿Un nudo no es un grano interior de la naturaleza? ¿Podrían pensar que un nudo en el interior de un tronco es un tumor?